BLAST on tietokonealgoritmi, joka on käytettävissä verkossa National Center for Biotechnology Information (NCBI) -sivustolla sekä monilla muilla sivustoilla. BLAST voi nopeasti kohdistaa ja verrata haettavaa DNA-sekvenssiä sekvenssitietokantaan, mikä tekee siitä kriittisen työkalun jatkuvassa genomitutkimuksessa.
Onko BLAST ensisijainen tietokanta?
BLAST on eniten käytetty ohjelmisto bioinformatiikan tutkimuksessa. Sen päätehtävä on verrata kiinnostavaa sekvenssiä, kyselysekvenssiä, sekvensseihin suuressa tietokannassa BLAST raportoi sitten tietokannasta löydetyt parhaat osumat tai "osumat". Tällä yksinkertaisella ohjelmalla on kaksi ensisijaista sovellusta.
Onko NCBI tietokanta?
NCBI sisältää sarjan biotekniikan ja biolääketieteen kann alta tärkeitä tietokantoja, ja se on tärkeä resurssi bioinformatiikan työkaluille ja palveluille. Tärkeimpiä tietokantoja ovat GenBank DNA-sekvensseille ja PubMed, biolääketieteellisen kirjallisuuden bibliografinen tietokanta. Muita tietokantoja ovat NCBI Epigenomics -tietokanta.
Käytetäänkö BLASTia vain NCBI-tietokannoista?
BLAST on saatavilla verkossa NCBI:n verkkosivustolla. Eri tyyppisiä BLASTeja on saatavilla kyselysekvenssien ja kohdetietokantojen mukaan.
Miten BLAST-tietokanta toimii?
Kuinka BLAST toimii? BLAST tunnistaa homologiset sekvenssit käyttämällä heuristista menetelmää, joka aluksi löytää lyhyet vastaavuudet kahden sekvenssin välillä; menetelmä ei siis ota huomioon koko sekvenssiavaruutta. Ensimmäisen osuman jälkeen BLAST yrittää aloittaa paikalliset tasaukset näistä alkuotteluista.
