Homologiamallinnus saa kohdeproteiinin kolmiulotteisen rakenteen templaatti- ja kohdesekvenssien samank altaisuuden perusteella ja tämä tekniikka osoittautuu tehokkaaksi tutkittaessa kalvoproteiineja, jotka on vaikea kiteyttää kuten GPCR, koska se tarjoaa paremman ymmärryksen …
Mitä homologiamallinnus on ja miksi sitä tarvitaan?
1.2.
Homologiamallinnus on tarkin laskennallinen menetelmä luotettavien rakennemallien luomiseen ja sitä käytetään yleisesti monissa biologisissa sovelluksissa. Homologiamallinnus ennustaa kyselyproteiinin 3D-rakenteen templaattiproteiinien sekvenssikohdistuksen kautta.
Mikä on homologiamallinnuksen periaate?
Homologiamallinnus tunnetaan myös vertailevana mallintamisena, joka ennustaa proteiinirakenteet perustuen sekvenssihomologiaan tunnettujen rakenteiden kanssa. Se perustuu periaatteeseen, että " jos kahdella proteiinilla on riittävän suuri sekvenssien samank altaisuus, niillä on todennäköisesti hyvin samank altaiset kolmiulotteiset rakenteet. "
Mikä tekee hyvän homologian mallinnuksen?
Jos määrittelemme "erittäin onnistuneen homologiamallin" sellaiseksi, jolla on <=2 Å rmsd empiirisesta rakenteesta, niin mallilla on oltava >=60 % sekvenssi-identtisyys kohteen kanssa, jotta se onnistuisi. nopeus >70% Jopa korkeilla sekvenssi-identiteeteillä (60%-95%), jopa joka kymmenes homologiamalli on rmsd >5 Å vs.
Mikä seuraavista pitää paikkansa homologiamallinnuksen suhteen?
Selitys: Kuten nimestä voi päätellä, homologiamallinnus ennustaa proteiinirakenteet perustuen sekvenssihomologiaan tunnettujen rakenteiden kanssa Homologiamallinnus tuottaa kaikkien atomien mallin, joka perustuu linjaukseen templaattiproteiinien kanssa.… Kohdistusvaiheessa tehtyjä virheitä ei voida korjata seuraavissa mallinnusvaiheissa.
