SDS sitoutuu voimakkaasti proteiinien positiivisesti varautuneisiin ja hydrofobisiin tähteisiin sulfaattiryhmiensä ja alkyyliketjujensa kautta , vastaavasti13 Vastaavasti, se on arvokas pesuaine rakennebiologian ja proteiinien laskostumis- ja laskostumistutkimuksissa.
Mitä SDS tekee proteiinille?
SDS on amfipaattinen pinta-aktiivinen aine. Se denaturoi proteiineja sitoutumalla proteiiniketjuun hiilivetypyrstöllään, paljastaen normaalisti hautautuneita alueita ja päällystäen proteiiniketjun pinta-aktiivisten aineiden molekyyleillä. SDS:n polaarinen pääryhmä lisää lisäetua tämän denaturoivan aineen käyttöön.
Kuinka SDS sitoutuu aminohappoihin?
SDS:ssä on hydrofobinen häntä, joka vuorovaikuttaa voimakkaasti proteiini- (polypeptidi)ketjujen kanssa. Proteiiniin sitoutuvien SDS-molekyylien määrä on suhteessa proteiinin muodostavien aminohappojen lukumäärään Jokaisessa SDS-molekyylissä on kaksi negatiivista varausta, jotka ylittävät proteiinin mahdollisen varauksen.
Pelittääkö SDS proteiineja?
SDS pinnoittaa proteiinin myös tasaisella negatiivisella varauksella, mikä peittää R-ryhmien sisäiset varaukset. SDS sitoutuu melko tasaisesti lineaarisiin proteiineihin (noin 1,4 g SDS/1 g proteiinia), mikä tarkoittaa, että proteiinin varaus on nyt suunnilleen verrannollinen sen molekyylipainoon.
Miten SDS antaa proteiinille negatiivisen varauksen?
SDS on pesuaine, joka sisältää pitkän alifaattisen ketjun ja sulfaattiryhmän. Tämä pesuaine on vuorovaikutuksessa denaturoitujen proteiinien kanssa muodostaen vahvasti negatiivisesti varautuneen kompleksin (negatiivinen varaus, joka syntyy SO42 − SDS-ryhmää). Proteiinit denaturoidaan ensin lämmöllä ja sitten lisätään SDS suuri ylimäärä.
